El cesme se ha organizado con el objetivo principal de llevar a cabo investigación de calidad en el campo de la seguridad de los medicamentos; esta investigación tiene como últimos destinatarios los pacientes y en general todas las personas, de manera individual o de manera colectiva. Con este fin ha participado y participa en distintos proyectos, tanto nacionales como internacionales. Además el Centro desarrolla investigaciones para las administraciones sanitarias y para la industria farmacéutica.

La actividad del cesme incluye: estudios de utilización de medicamentos; desarrollo de métodos aplicables a la farmacovigilancia; análisis de efectos adversos de los medicamentos a partir de la notificación espontánea; estudios observacionales sobre riesgos asociados al uso de medicamentos; aplicación del metanálisis; estudios a partir de la información generada por los sistemas centinelas; utilización de las bases de datos en farmacoepidemiología; estudios coste-efectividad y estudios sobre drogas de abuso y drogodependencias.